۱- سیاست گذاری کلی، برنامه ریزی، سامان دهی و هدایت عملیات مبارزه برای حفظ محصولات کشاورزی از گزند آفات در استان.

۲- مبارزه با علفهای هرز، آفات و بیماریهای عمومی به تشخیص شورای حفظ نباتات و تصویب وزارت جهاد کشاورزی با هزینه دولت و بطور رایگان.

۳- مشارکت در مبارزه با آفات و بیماریهای همگانی در صورت نیاز.

۴- هدایت و نظارت بر امور تولید، توزیع و مصرف سموم دفع آفات نباتی گیاهی با ملاحظات زیست محیطی و اجرایی نمودن طرح ملی مونیتورینگ سموم.

۵- جلوگیری از ورود آفات و بیماریهای قرنطینه خارجی و جابجایی آفات قرنطینه داخلی با اتخاذ سیاستها و روشهای مناسب فنی اجرایی.

۶- استقرار شبکه مراقبت برای ردیابی آفات با همکاری کلینیک های گیاهپزشکی.

۷- تدوین برنامه جامع مدیریت تلفیقی آفات (IPM) در قالب برنامه پنج ساله با رویکرد کنترل بیولوژیک آفات و به منظور عملیاتی نمودن بند «د» ماده ۱۳۴ قانون و تحقق سطح پوشش ۲۵ درصدی از مجموع سطوح زیر کشت محصولات کشاورزی استان تا انتهای برنامه.

۸- تدوین پروسه تولید محصول کشاورزی در قالب برنامه ملی تضمین کیفیت و سلامت محصولات کشاورزی و در نهایت صدور گواهی نظارت بر مراحل تولید توسط کلینیکهای گیاهپزشکی.

۹- عملیاتی نمودن پروسه تولید محصول براساس استاندارد تشویقی برای محصولاتی که دارای استاندارد ملی هستند.

۱۰- اتخاذ سیاستهای تشویقی - ترویجی با هدف توسعه مبارزه غیرشیمیایی با آفات با مشارکت مستقیم کشاورزان و بهره برداران.

۱۱- نظارت بر پروسه مصرف مواد غیرشیمیایی، عوامل زنده، انواع سموم دفع آفات نباتی، کودهای شیمیایی و غیره در مزارعی که سالیانه در قالب طرح ملی تضمین کیفیت و سلامت محصول تحت نظارت قرار می گیرند.

۱۲- بازدید از محموله های صادراتی و صدور گواهی قرنطینه نباتی و همچنین اعمال ضوابط قرنطینه بر محموله های وارداتی.

۱۳- صدور گواهی بهداشتی برای نهالستان هایی که برابر ضوابط فنی تولید کرده و دارای مجوز می باشند.

۱۴- مشارکت مستقیم در سیاست گذاری و عملیاتی نمودن مدیریت پسماند و فعالیت های مرتبط با حوزه سلامت و کارگروه بهداشت در سطح استان.

۱۵- تشکیل کارگروه فرعی مبارزه با آفات و بیماری ها و مشارکت جدی در کارگروه استانی خشکسالی، سرمازدگی و بلایای طبیعی استان.

۱۶- سیاست گذاری، تدوین و ابلاغ دستورالعمل برای مواردی که از سوی مراجع ذیصلاح و به صورت خاص به سازمان ابلاغ می گردد.

۱۷- هماهنگی در عملیاتی نمودن مدیریت جامع تولید و هم سو نمودن برنامه های اجرایی با سیاست های کلان معاونت بهبود تولیدات گیاهی.